Kitap dört ayrı bölümden oluşuyor. İlk iki bölüm Ömer Hayyam, Nizamülmülk ve Hasan Sabbah buluşma ve tanışmalarını ve bu arada geçen olayları anlatır. Son iki bölümde de bahsi geçen olayların asıl olarak kayda geçirildiği ve Ömer Hayyam’a ait olduğu söylenen Semerkant Yazması kitabının Benjamin O. Lesage tarafından nasıl ele geçirildiğinden bahseder.
Hayyam Semerkant’a gider. Ama orada durum hoş değildir. Şehre ayak atar atmaz bir grubun kışkırtmasıyla filozoflar kötülendiğini, lanetlendiğini görür Hayyam. Üstelik de kendisinin de ünlü bir filozof olarak tanınır. Ayrıca onu tanıyanlardan bazıları onun şarabı yüceltip tanrıyı alçalttığını düşünürler. Böylece Hayyam şehre ilk adımını attığı anda bir güzel dayak yer. O anda şehrin kadısı Ebu Tahir onu görüp tanır ve onu kurtarır. Bir bahaneyle onu aklar ve ona değer verdiğini gösterir. Böylece Hayyam Semerkant’ta güvenilir bir liman bulmuştur. Ayrıca orada Cihan adlı şair bir kadınla tanışır ve aralarında tutkulu ve şehvetli bir ilişki başlar. Ama Hayyam ve Cihan bambaşkadır. Hayyam saraydan gösterişten ve siyasetten tiksinir kadın ise tam tersi bunlara tutkundur. Ebu Tahir ona içi boş olan görkemli bir boş defter armağan eder. Hayyam’da dayak yediği günden itibaren bir şeyler yazmaya başlar. Bu arada da kendini bilime adar, Han ve kadının yıldız fallarına bakarak da biraz para kazanır. Han’ın kız kardeşi Selçuklu Hanedanın dan biriyle evlidir. Selçuklu Hükümdarı günün birinde sefere çıkar. Almaya çalıştığı yer Semerkant, Buhara ve Hayyam’ın içinde bulunduğu yörelerdir. Alpaslan büyük bir orduyla hareket etmekteyken gizlice saldırıya uğrayıp ölür. Onun yerine Melikşah geçer. Han ve kadı yasa giderler. Hayyam’ıda yanlarında götürürler. Yas yerinde vezir Nizamülmülk Hayyam’ı tanır. Nizamülk Hayyam’a seneye aynı zamanda İsfahan’a gelmesini ister. Aradan bir sene geçer. Hayyam harekete geçer. Cihanı’da yanında götürmek ister ama Cihan sarayı terketmek istemez. Yolda hanın birinde yer kalmadığı için bir odayı bir yabancıyla paylaşmak zorunda kalır. Odasını paylaşmak zorunda kaldığı kişi Hassan Sabbah’tır. Hasan Sabbah o kadar okumuş ve o kadar bilgi doludur ki Hayyam ona hayran kalır. Hasan’da Nizamülmülk’ün yanına gitmek ister ve orada kendisi için yapılabilecek bir işi olabileceğini söyler. Böylece ikisi beraber Nizamülmülkün yanına gider. Nizamülk Hayyam’a hafiyeciler başı teklifini sunar. Üstelik de ona çok istediği rasathane, her türlü maddi desteği de verecektir. Ömer bu teklifi reddeder ama Hasan Sabbah’ı önerir. Onun ne kadar zeki ve bilgi dolu olduğunu anlatır. Hasan beklenildiği gibi tüm imparatorlukta uçtan uça çok sağlam bir hafiye örgütü kurur ve başarılı da olur. Giderek de Melikşah’ın gözüne girer. Ancak Hasan Nizamülmülkün yerini almaya çalışır ve her fırsatta da onu hükümdara kötüler. Günün birinde Hükümdar Nizamülkten tüm alacak ve vereceklerin hesaplanıp kendisine verilmesini ister. Nizamülmül’de tüm hesapların toplanıp derlenmesi için 2 yıl gerektiğini söyler. Ancak Hasan ortaya atılır ve tüm yetkinin kendine verilmesi durumunda bu işi 40 günde halledeceğini söyler. Böylece Nizamülk ve Hasan arasında bir düşmanlık başlar. Üstelik ülkede karışır. 40.günde Hasan tüm raporları Hükümdara teslim etmeye çalıştığında fark eder ki raporları birileri tarafından çalınmış ve karıştırılmıştır. Bunu yapan Nizamülmülktür. Hasan ise idama mahkum edilir ama Hayyam’ın araya girmesiyle Melikşah onu affeder ve sürgün eder. Böylece Hasan kaçar ama intikam almaya da yeminlidir. Aradan geçen seneler sonunda Hasan Sabbah çok sağlam bir örgüt kurup kendi inançlarını yayar. Alamut kalesini satın alır. Ve örgüt adına her yerde suikastler düzenler. Ülkede kaos ve karışıklık çıkarır. Üstelik de melikşah ya da Nizamülmülk buna engel olamaz. Bu arada Cihan bu saraya gelir ve Hayyam’la olan tutkulu ilişkisi devam eder. En sonunda da evlenirler. Ülkede ne olursa olsun Hayyam asla siyasete girişmez ve yaşananlar pek de umurunda olmaz. Hasan Sabbah gizlice onu Alamuta davet eder. Oraya gitmez ve kendi bilimiyle meşgul olmaya devam eder. Bu arada ülkede karmaşa daha da derinleşir. Hassan sabbah Semerkant hanlığını da bir şekilde ele geçirir, hanı radikal bir İsmaili yapar. Bunu kabul etmeyen halk da ya öldürülür ya da sürgün edilir. Kadı Ebu Tahir hükümdarlığa sığınır. Han Melikşahın karısının kardeşi olduğu için Nizamülmülk, Melikşahın karısının oraya saldırmaya iin vermeyeceğini bilir bu yüzden de Hanın İsmaililer tarafından esir alındığını onu kurtarmak için oraya saldırmak gerektiğine dair onları ikna eder. Ve hanlığı geri alır ama yalanı da ortaya çıkar. O günden sonra Melikşah ve karısının Nizamülmülkle araları daha da kötü olur. Nizamülmülk de iyice yaşlanır hastalanıp kendi köşesine çekilir. Nizamülmülk de iyice yaşlanır hastalanıp kendi köşesine çekilir. Hükümdarla araları öyle bozulur ki Melikşah onu öldürmek ister. Ama bunu sinsice planlar çünkü doğrudan onu öldürmesi Nizamülmülk taraftarlarının tepkisini çekip yeni bir karışıklığa yol açacaktır. Melikşah Hasan Sabbahla haberleşir. Veziri öldürmek için planlar yapar. Melikşah onu kendiyle beraber bir yere götürecektir. O arada da Sabbah’ın adamlarından biri onu öldürecektir. Ama vezir hükümdara gelip rüya gördüğünü ve rüyasında peygamberi görüp onun kendisine Melikşahın ölümünden 40 gün önce öleceğini söyler. Bu her ne kadar Melikşahı korkutsa da infaz gerçekleşir ve vezir öldürülür ama ortalık iyice karışır. Öyle ki Hayyam eskiden Hasan’ın dostu olduğu için onun da öldürülmesine karar verilir. Ama vezirin en yakını adamı Hayyamla vezir arasındaki dotluğu bildiği için onu korumasına alır ve onu saraydan kaçırır. Hayyam da artık sürgün hayatı yaşamaya başlar. Hasan Sabbah onu kalesine sığınmasını teklif eder ama o bunu kabul etmez. Ama günün birinde Sabbah korumasını öldürtüp Hayyam’ın herşeyi olan Semerkant Yazmasını kaçırtır. Buna rağmen Hayyam Alamuta gitmez. Çünkü ona göre Alamut en sıkı perhizlerin nefis terbiyesinin katı inancın merkezi olarak tüm yaşam sevincini emen bir yerdir. Hasan da kitabı kendi odasında parmaklıklarla korunan çok özel bir yere koyar kitabı. Hiçbir müridi de bu kitapta ne olduğunu sormaya dahi cesaret edemez. Ve artık hastalık gelip Hayyam’ıda alıp götürür. Hasan da ölmüştür. Üstünde kaç sene geçmiş ama hala Alamut onun bıraktığı gibidir. Yerine torunlarından Hasan geçmiştir. Bu Hasan korunaklı kitabı alıp açmaya cesaret eder. Ve o kadar çok etkilenir ki tüm kuralları değiştirir. Çünkü kitapta Alamutta yaşananların zıttına hayattan her türlü keyfi alıp hayatı yaşamayı salık verir yazıtlar görür. Öyle ki torun hasan kendini mehdi ilan eder. Ve artık cennet kapılarının açıldığını müjdeler ve namazı dahi yasaklar. Bu arada Moğol saldırıları başlar. Alamut moğollara dayanamaz. Devasa kütüphanesi yakıp yıkılır ve geriye hiçbir şey kalmaz.
Amerika da 18-19.yüzyıllarda çoğu parça parça bulunabilen Rubailer’den dolayı bir ömer hayyam hayranlığı başlar. Çünkü hayyam ta kaç yüzyıl önceden o dönemde muhteşem bir özgürlük ve yaşam sevinci fikrini aşılar Ama ortada var olan Rubailerden çoğunun ona ait olduğu dahi şüphelidir. Benjamin Lesagi adında bir adamda o günlerde konuştuğu birinden Hayyam’ın tüm hayatı ve Rubailerinin var olduğu asıl bir kitapan bahsedip bunu gördüğünü söyler. Benjamin de bu kitabı ele görebilmek için Türkiye’ye İrana kadar gelir. Ama kitap bulan kişi ya da kişiler tarafından cemaleddine hediye edilmiştir. Cemallediin Mısır, Fas… gibi arap ülkelerinde nüfuzlu bir siyasi figürdür. Özgürlük ve demokrasi savaşçısıdır. Böylece beladan ayrı kalmayan biridir. Benjamin ise kitabı ararken Cemalleddin, Fazıl ve daha nice iran hareket Liderleriyle tanışır. Öyle ki prenses Şirinle tanışıp birbirlerine aşık olurlar. Ama kitabı bir türlü elde edemez. İranda meşrutiyet ve şah taraftarları arasında sürekli bir mücadele vardır. İsyanlar saldırılar baskınlar… işin içine savaş da girer. Bulundukları Tebriz şah güçleri tarafından kuşatılır. Tam düşmek üzereyken Rus güçleri uzlaşma sağlayıp ablukayı kaldırır. Şah yurt dışına kaçar. Bu arada Ruslar’da bir sürü ekonomik imtiyaz elde etmiştir. Ekonomiyi düzeltmek için abd’den uzman bir maliyeci getirtilir. Bu uzman gerçekten yolsuzlukları tespit edip bunları önleyerek bile pek çok kazanım sağlar. Ama yaptığı pek çok şey Rusların çıkarının tersinedir ve böylece Ruslar şahı serbest bırakırlar ve ülke tekrar karışmaya başlar. Nihayetinde de Şirin ve Benjamin Semerkant Yazmasını ele geçirir. İrandan giderler. Ta Titaniğe binme fırsatını elde ederler. Ama bilindiği gibi Titanik batar. Semerkant Yazması da gemiyle beraber yatar. Şirin ve Benjamin hayatlarını kurtarır. Ama karada şirin Benjaminden uzaklaşır onu terkeder. Benjamin onun nereye gittiğini bilemez ve böylece ayrılırlar.
